A magyar puritanizmus és hatásai
Alig telt el néhány évtized, a reformáció egyházai „megmerevedtek”, élettelenné vált bennük az igehirdetés, a tanítás. Angliában indult el az a mozgalom felébredt lelkek működése nyomán, amelyet puritanizmusnak nevezünk, és amely a magyar református egyházat is felrázta. A puritánok a gyülekezeti élet megújulását, megelevenedését, kitisztulását kívánták és munkálták. Személyes megtérést hirdettek, egyszerűbb, bensőségesebb gyülekezeti életet akartak.
Hollandiában és Angliában tanuló magyar teológusok megismerkedtek a puritanizmus eszmékkel, és mint annak idején a reformáció gondolatai, a puritánus kálvini tanítások is e tehetséges, lelkes diákok révén kerültek át hazánkba. A Londonban tanuló Tolnai Dali János (1606-1660) különösen a hatásuk alá került. Hazatérte után sárospataki igazgató lett, később abaúji esperes. Ezzel egy időben a szintén puritánus Medgyesi Pál (1605-?), Lórántffy Zsuzsanna udvari lelkésze lett (maga a fejedelemasszony lelkes hívük és pártfogójuk volt), aki többek között lefordított a puritán nézetek alapvető iratát, a „Praxis Pietatis”-t (A kegyesség gyakorlata). Mellettük meg kell azonban említeni Apáczai Csere János, Komáromi Csipkés György, Tofeus Mihály, Kovásznai Péter és Martonfalvy Tóth György nevét, akik nagyon sokat tettek a puritánus eszmék megvalósulásáért.
I. Rákóczi György erdélyi fejedelem Szatmárnémetiben zsinatot hívott össze ellenük (1646). Többek között azzal vádolták őket, hogy a puritánok lázadók, akik nem értenek egyet a fennálló renddel. A zsinat el is marasztalta őket, ám eszméik ennek ellenére lassan átmentek a köztudatba és mind a mai napig hatnak. Az első magyarázatos Biblia, az ún. Váradi Biblia megjelenése (1660) – Károlyi Gáspár fordításában – az ő hatásukra vezethető vissza.
A gyászévtized és a gályarabok
Az ellenreformáció – a Habsburg uralkodóház hathatós támogatásával – rövidesen kezdetét vette hazánkban. Amint tudjuk, a 16-17. században az egykor egységes Magyarország három részre szakadt: az ország nyugati és északi részén a Habsburgok uralkodtak, az ország. középső részét a török tartotta megszállva, Erdélyben viszont független magyar fejedelemség alakult ki.
A katolikus klérus végső leszámolásra készült a reformáció egyházaival szemben, ezért 1674-ben, Lipót császár idején 336 református és evangélikus lelkészt, tanítót idéztek meg a pozsonyi vésztörvényszék elé. Hamis vádakkal rágalmazták meg őket, többek között azzal, hogy meg akarják dönteni az uralkodót. Többekre halálbüntetést szabtak ki, mások külföldre menekültek. Mintegy száz lelkészt és tanítót fogságra vetettek, majd a nápolyi öbölben mintegy harmincat eladtak közülük gályarabnak, fejenként 50 aranyért. Csak tíz hónapi szenvedés után bocsátották szabadon a még élő 24 rabot a holland de Reuyter Mihály tengernagy közbenjárására.
A pietizmus
A puritanizmus megjelenését követően egy másik lelki ébredés csírái kezdtek bontakozni az országban. Ezúttal a reformáció másik ágán, az ágostai evangélikus egyház berkeiben indult el német közvetítéssel az a mozgalom, amelyet pietizmusnak neveznek. Hatása első sorban Petrőczi Kata Szidónia (1662-1708) költészetében volt fellelhető, később viszont Bél Mátyás (1684-1749) és Szemerei Bárány György (1682-1757) voltak az irányzat lelkes követői.
Ténykedésüket a hivatalos egyházvezetés nem sokáig nézte jó szemmel a rózsahegyi zsinaton (1707) élesen támadták őket. A hátratételek ellenére tanításaik népszerűek voltak és egyre inkább terjedtek, különösen Erdélyben. A fokozódó egyházi nyomásra hamarosan gyöngült befolyásuk, s nem tudtak számottevő erővé formálódni. A későbbi belmissziói törekvések alapját viszont ez az irányzat képezte, növelve ezáltal is egyháztörténeti jelentőségét.
Az ellenreformáció után
A protestánsüldözés III. Károly és Mária Terézia alatt is tovább folytatódott, ennek a szomorú korszaknak végül II. József, a kalapos király vetett véget. Az 1781-ben kiadott híres türelmi rendelete lehetővé tette a szabad vallásgyakorlást, a reformátusok és evangélikusok templomokat, iskolákat építhettek.
A vallási szabadság ellenére lelki szempontból „viszonylagos csend honolt” az egyházakban. Viszont ebben az időszakban jelentek meg olyan kegyességi irodalmi művek, amelyek megjelenése felpezsdítette az egyházi és vallási életet. Ilyenek voltak a könyvtáralapító Ráday Pál (1677-1733) „Lelki hódolás” című munkája, Szikszai György (1738-1803) „Keresztyén tanítások és imádságok” című könyve vagy akár Szőnyi Benjámin (1717-1794) „Szentek hegedűje” című népszerű kötete.
Külföldi hatásra alakultak ki azok a kisebb „ébredési szigetek”, amelyek berkeiben, ha rövid időn keresztül is, de élénk lelki munka folyt. Az egyik ilyen üdítő esemény volt a herrnhutiak megjelenése Erdélyben, illetve a Felvidéken. Rövid ténykedésük mély nyomott hagyott az itteni protestánsok életében. A másik komolyabb mozgolódás a felsőlövői missziói ébredés volt Bár a lelkesedés tüze idővel elhalványult, teljesen nem szűnt meg, hisz Felsőlövő és környéke a későbbiekben is komoly ébredési vidéknek számított.
A 19. század dereka táján kezdtek mozgolódni a kisebb vallási mozgalmak (baptisták, metodisták, adventisták, pünkösdiek etc.). Szélesebb tömegeket nem tudtak megmozgatni, ennek ellenére igen élénk missziót fejtettek ki. Kezdetben sok üldözésben volt részük, mind az állam, mind a történelmi egyházak vezetői részéről. A felébredt reformátusok és evangélikusok több esetben kiálltak mellettük, noha a szektáknak tartott kisegyházak nemegyszer éppen a belmissziói egyesületek munkájának gyümölcsét "aratták le".
Az ún. kisegyházak megjelenése